このエントリー内で取り上げているスクリプト「OotsukaGirl」の仕様で、現状わかっていることは「選択された文字列の最初の文字に設定・属性が統合される」ということです。
使用環境によっては指定以外の文字の設定が変わりますので、ご使用の際にはご注意下さい〈検証記事リンク〉。
また、このエントリーは「再校時の修正」という設定ですが、以上のことから得体の知れないデータに使うことは避けた方が良いと思われます。
スクリプトの使用は自己責任でお願いいたします。
※2010.7.17追記※
修正バージョンがPICTRIXさんのサイトにアップされています〈検証リンク〉。
古いバージョンをご使用の方はご確認ください（新バージョンの作成日は2010.5.1です）。
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Illustratorの検索置換は半角全角の変換も出来ません。
一度エディタに持っていって変換して戻すのも属性の上書きの可能性もあり危険ですし、なにより面倒です。
検索置換で一文字ずつやっていてはヌケが出たり、時間がかかりすぎてしまいます。
そこで、♪ちゃらら～「お～つかが～る～」（ドラえもん風）
そうです、これしかありません。PICTRIXさん作のスクリプト、「OotsukaGirl」を使います。
設定はこれだけ。スクリプトを実行してUIにチェックを入れるだけ。カ、カワイイ。
このスクリプト、ものすごく完成度が高い！
わかりやすくてカワイイUIはもちろんのこと、テキストを選択した状態では選択テキストのみ、未選択なら書類全体に適用されます。
また、設定は保存されるので、複数回同じ処理をする場合もいちいち設定を変える必要はありません。
これはプラグインとして売ってもいいレベルではないでしょうか。
これほど優れたスクリプトを無償で提供してくださっているPICTRIXさんに感謝しましょう。
おかげさまで、このような作業は10倍くらい早く処理できるようになりました。
本当に感謝いたします。
ちなみに……
ワタクシ、UIの付く前のスクリプトを入手していますので、アクションに登録して（Illustratorを終了するまでは）バッチ処理できます。試しに同一ファイルを20枚処理したところ、1分くらいで終了しました（でも、Illustratorのバッチって何かコワイ気がするのはワタクシだけでしょうか）。
アクション、
バッチ、
作業終了。
これがIllustrator 8で作業していたらと思うとゾッとします。
※2010.7.15追記※
OotsukaGirlについて、kbienttさんから不具合の報告をいただきました。
・縦中横の設定を破壊
・字形変更された設定を破壊
・半角英数の回転の設定を破壊
・2種類以上の書体設定のある文章の設定を破壊
・同じく級数や改行の設定も破壊
というものです。時間がなく全ては未検証ですが、試してみると該当箇所以外の文字であっても変わってしまいます。
数字の全角を半角に変換、設定が変わってしまいました。
確かに、これは知らずに使うと危険ですね。
ワタクシ、いままで使っていて全く気付きませんで、kbienttさんのおかげで知ることができました（いろいろと検証ありがとうございました）。これを認識しているのといないのとでは大違いです。
ワタクシが勝手に他人様の作品を記事にしているので、もっと検証すべきところだったと反省しております。
ただし、私見ですが、危険があることを承知の上で使うのならば、このスクリプトの恩恵の方が上だと思っております。
が、再校時の赤字修正に使うのはさすがに危険かもしれませんね。
ドルフィンのタナカさんもおっしゃっているように、フリーソフトの使用は自己責任が基本です。
現在はこのような不具合があることが報告されていますので、ご使用の際はご注意下さい。
また、（z-）さんがおっしゃるように、不具合は作者の方へもフィードバックされると、お互いに良い結果につながるのではないでしょうか。