不可解な現象が発生！
今まで使っていたphpファイルへアクセスしようと思ったら何故かWordPressへ飛んでしまう。
具体的には.htaccessにリライトを書いていたのですがそれがうまく機能せず
まったく違う動作をしてしまっているということ。
これが.htaccessの内容
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME}\.php -f
RewriteRule ^(.*)$ $1.php
phpの拡張子を非表示にしてURLを指定できるというものなのですが
今回の現象ではphpの拡張子を省いて指定すると何故かWordPressへ飛んでしまう。
で、よく調べてみるとWordPressにも自動的に.htaccessファイルが
できていることに気づき、 中身を見てみると
# BEGIN WordPressRewriteEngine On RewriteBase / RewriteRule ^index\.php$ - [L] RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d RewriteRule . /index.php [L] # END WordPress
リライトの記述がかぶってました。＾＾；
おそらくWordPressの設定で何かの拍子に自動的に生成されたものだと思われる。
（多分、パーマリンクの設定？？）
この記述を消すと元の正常な状態に戻ったので間違いないのですが、
これを消すとWordPressに不具合が起きる。
いろいろ試してみたのですが、やはりリライトがかぶってしまって
思うような動作にならないので結局、phpファイルの方を諦め、
拡張子を指定することでアクセスするようにしたが、
これでもいろいろ不具合が起こる。
で、WordPressは専用ディレクトリにしないと配置しないと
いろいろ不都合が起こるらしいことがわかってきました。
http://wpdocs.sourceforge.jp/WordPress_%E3%82%92%E5%B0%82%E7%94%A8%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%AC%E3%82%AF%E3%83%88%E3%83%AA%E3%81%AB%E9%85%8D%E7%BD%AE%E3%81%99%E3%82%8B
なのでまずはkagoyaサーバーにて
１、システム→ドメイン→ウェブサイトドメインの画面で
ディレクトリ設定でWordPressをインストールしたディレクトリにする。
２、、その後、WordPressダッシュボードの
設定→WordPress アドレス (URL)とサイトアドレス (URL)をルートのドメインに変更する。
これでWordPressを専用ディレクトリにしてもブログをサイトのルートに表示することが可能。
また同じことで悩まなように記事に残しておきました。