明治政府は尊皇攘夷の帰結として神道を国家統合の基幹にしようと意図した。一部の国学者主導のもと、仏教は外来の宗教であるとして、それまでさまざまな特権を持っていた仏教勢力の財産や地位を剥奪した。僧侶の下に置かれていた神官の一部には、廃仏毀釈運動を起こし、寺院を破壊し、土地を接収する者もいた。
廃仏毀釈と言えば、日本において明治維新後に成立した新政府が慶応4年3月13日（1868年4月5日）に発した太政官布告（通称神仏分離令、神仏判然令）、明治3年1月3日（1870年2月3日）に出された詔書「大教宣布」などの政策によって引き起こされた、仏教施設の破壊などを指す。
明治4年正月5日付太政官布告で寺社領上知令が布告され、境内を除き寺社の領地を国が接収した。
明治5年、西本願寺の巻き返しで神道中心の神祇省を廃し、教部省を設立した。僧侶・神官共に教導職に任命した。また廃仏を恐れた多くの宗派の僧侶はこの政策に迎合し、大教院設置がなされる。しかし、信仰の自由、政教分離を主張する西本願寺の僧侶・島地黙雷が大教院分離脱退運動を主導した。
ちなみに西本願寺と防長二州、毛利家は戦国時代から一体であり、周防国の僧侶、釈月性と大洲鉄然が草莽崛起を提唱して倒幕攘夷を行い、明治維新を達成した。
明治8年5月、大教院廃止
同年11月、神仏各宗に信教の自由が達せられる。
明治10年、木戸孝允、結核のため京都滞在中、西本願寺の別荘にて大洲鉄然が死水をとって45歳で死亡した。葬儀は、遺言に従って仏式で行われた。
監事、伊藤博文
場所、京都の高台寺
木戸孝允は西本願寺(浄土真宗本願寺派本願寺)の門徒である。
参考
① 浄土真宗の名前はこの時期に認められた。それまでは一向宗と呼んでいた。
② 幕末、高杉晋作の吉田での神式葬の後、萩での曹洞宗亢徳寺の葬式に木戸寛治が列席している。
③ 伊藤博文が西本願寺教団門徒総代に就任した。
④ 廃仏毀釈が徹底された旧島津領(鹿児島、宮崎)では、寺院1616寺が廃され、還俗した僧侶は2966人にのぼった。そのうちの3分の1は軍属となったため、寺領から没収された財産や人員が強兵に回されたと言われることもある。浄土真宗は元々から弾圧されて、公式には存在していなかった。同時に天孫降臨の地として神社が建立されて行った。信教の自由は西南戦争の後になった。
⑤ 伊勢国（三重県）では、伊勢神宮のお膝元という事もあって激しい廃仏毀釈があり、かつて神宮との関係が深かった慶光院など100ヶ所以上が廃寺となった。その為、全国平均に較べて古い建物の数自体が少なくなっている。
⑥ 廃仏毀釈がこれほど激しくなったのは、江戸時代には寺院がさまざまな特権を持っており、寺社奉行による寺請制度で寺院を通じた民衆管理が法制化され、汚職の温床となったことで、それに対する民衆の反発があったためとの説もある。藩政時代の特権を喪失したことによってもたらされた仏教の危機は仏教界の反省を促し、伝統仏教の近代化に結びついた。
⑦ 僧侶、島地黙雷、浄土真宗本願寺派本願寺執行長、周防国和田の専照寺の四男である。
⑨ 大洲鉄然
10 1873年2月24日、政府は、明治6年太政官布告第68号（布告三十日間掲示及従来ノ高札面除却）により、従来の高札を撤去した。これにより、キリシタン禁制を定めた高札（五榜の掲示の第3札）は事実上廃止され、江戸時代初期以来つづけられてきたキリスト教に対する禁教政策に終止符が打たれた。